De acuerdo a hallazgos de la Auditoría Superior de la Federación (ASF), solamente entre 2017 y 2020 se detectaron irregularidades en el gasto federalizado de la administración de Francisco García Cabeza de Vaca por hasta 13 mil 467 millones 901 mil 209 pesos en los que su gobierno habría adquirido medicamentos a sobreprecio, realizado contratos de personas que recibieron remuneración por ‘desempeñarse’ en puestos inexistentes, gratificaciones salariales por encima de las estipuladas, ‘compra’ de libros de texto que jamás fueron entregados y hasta el pago de sueldo de al menos 40 trabajadores ya fallecidos.
Desde el primer año de la administración de Cabeza de Vaca la ASF documentó un cúmulo de más de mil 219 millones 88 mil 945 pesos en recursos pendientes de aclarar, sin embargo, fue en 2018 cuando se detectó la mayor cuantía irregular, sumando hasta 9 mil 758 millones de pesos que no se habrían utilizado y de cuyo destino no hay prueba alguna.